En este torneo obtiene el segundo lugar, destacando un récord de imbatibilidad del portero Luis Godoy, que no recibió un gol en 924 minutos. A fines del año 2008, Deportes Antofagasta regresa a Primera B, ya que obtuvo un muy bajo puntaje en la tabla ponderada, la que sumaba los puntos de las temporadas 2007-2008. El 2 de noviembre, Unión Española y la Universidad de Concepción (rivales directos en la tabla ponderada) lograron sumar puntos, mientras Deportes Antofagasta tenía fecha libre, camiseta psg concretándose así el descenso directo del club.
