En la final, el Barça se vio completamente superado en los partidos, ganando los vascos por un contundente 3-0, camisetas de baloncesto en una de las mayores sorpresas de las finales. En la final, Juan Carlos anotó 9 puntos para que el Barça venciera por 80-61. El Barcelona ganó su 21ª Copa del Rey y Navarro su cuarta, donde su compañero Fran Vázquez fue elegido el MVP. Tras una espectacular temporada en Euroliga, donde Navarro fue incluido en el Mejor Quinteto de la Euroliga, el Barça se clasificó para la Final Four de París. En semifinales jugarían frente al Power Electronics Valencia, aportando Navarro 12 puntos en 35 minutos de juego, clasificándose para la final en la que jugarían contra el Real Madrid.
Mejoró todas sus puntuaciones y anotó su mejor marca en la Liga ACB con 30 puntos frente al Real Madrid. «Ferrándiz, el mecanógrafo del Madrid que ganó cuatro Copas de Europa – Socio de Honor del Real Madrid». El partido del domingo fue una gran fiesta, pero además fue una demostración de intensidad y defensa como hacía años que no se veía en un partido de estas características. En una verdadera batalla, los Bulls consiguieron de nuevo con la ayuda de Dennis Rodman el título que hacía 3 años que no ganaban. Aquella temporada el F. C. Barcelona finalizó sin conseguir ningún título oficial con 9,97 puntos de Navarro en 37 partidos disputados entre la temporada regular y los play-off de la liga ACB.
Su debut oficial con la selección absoluta, se produjo el 17 de septiembre de 2000, en los Juegos Olímpicos de Sídney. Poco después, en septiembre y ante la sorpresa de los directivos del club, Luis de Carlos accedió a la presidencia con el difícil reto de manejar el club a la sombra del antiguo mandatario. España finalizó 6ª, siendo eliminada en cuartos ante Serbia y cayendo ante Argentina en el partido por el 5º puesto.camiseta selección española mundial 2022 Dos días después se marcó un auténtico partidazo (secundado por una gran labor de los hermanos Gasol) contra la gran revelación del torneo, la selección de Macedonia, que puso en muchísimos problemas a España.
Dos días después el conjunto azulgrana caería en semifinales ante el TAU Vitoria 77-90 en un partido en el que Navarro fue el máximo anotador de su equipo con 19 puntos. Comenzó la temporada anotando 19 puntos frente al Xacobeo Blu:Sens y 24 puntos ante el Power Electronics Valencia, consiguiendo 30 de valoración. En dicho partido Navarro anotó 35 puntos (19 de ellos en el tercer cuarto, récord en un Eurobasket) incluyendo jugadas como una «bomba» desde la línea del triple con dos defensores encima provocando el delirio del público. Una especie de bandeja a la que daba un arco enorme que le permitía burlar a las defensas rivales y que más tarde se conocería como «la bomba» convirtiéndose además en el apodo del propio jugador.