En la temporada 1998-1999 debuta en la Segunda división B española con Jesús Aranguren como entrenador. La temporada 2000-2001 volvía a ser un nuevo asalto al ascenso que se quedó en el intento. Al final quedó segundo encuadrado en el grupo III de 2.ª B y jugó la liguilla de ascenso a Segunda división. El Cartagonova tuvo su mejor momento en la primera vuelta, equipacion de españa 2022 pero en la segunda solo se logró una victoria y terminó en la 12.ª posición.
